上海医药科技集团公司注册时，是设立董事会还是执行董事？这个问题牵涉到公司治理结构的选择，对公司的长期发展和治理效率有着重要影响。接下来，我们将从几个方面来详细探讨这个问题。

1. 公司规模与治理结构

在选择董事会或执行董事时，首先需要考虑公司的规模和业务范围。上海医药科技集团作为一家医药科技企业，若规模较大、业务复杂，那么设立董事会更有利于提高公司的治理效率和决策质量。董事会由多位董事组成，能够汇聚各方智慧，进行更全面、深入的讨论和决策。

1.1 公司规模与治理效率

据研究表明，公司规模与治理效率呈正相关关系。规模较大的公司往往需要更多的决策层次和监督机制来确保良好的治理，而设立董事会可以有效分工、协调各方利益，提高决策效率。

1.2 公司业务复杂性

随着公司业务的复杂性增加，单一执行董事可能无法有效管理公司的各个方面。而董事会由多位董事组成，可以充分利用各董事的专业知识和经验，共同参与公司决策，降低管理风险。

2. 治理结构与股东权益保护

公司治理结构的选择也直接关系到股东权益的保护。董事会作为一种更为民主、透明的治理结构，能够更好地保护股东的权益，提高公司的经营透明度和信誉度。

2.1 董事会与股东代表权益

董事会由股东选举产生，能够更好地代表股东利益，监督公司管理层的行为，保护股东权益。而执行董事往往由公司内部人员任命，可能存在利益冲突，难以保证对股东的公平代表。

2.2 董事会与治理透明度

董事会作为公司治理的重要机构，其决策和执行过程更加透明公开。董事会会议公开、决策程序规范，有利于监督和约束公司管理层的行为，保护股东利益，维护公司治理的稳定性和可持续性。

3. 风险管理与公司稳健发展

在不确定性和风险日益增加的商业环境下，公司需要建立有效的风险管理机制，保障公司的稳健发展。董事会作为公司治理的重要组成部分，能够更好地应对各种内外部风险挑战。

3.1 董事会与风险管控

董事会通过制定公司治理政策、审议重大决策、监督风险管理等方式，能够更好地识别、评估和应对各类风险，降低公司经营的不确定性，保障公司的长期稳健发展。

3.2 董事会与战略规划

董事会参与公司战略规划和业务发展方向的制定，能够更好地把握市场机遇，调整战略布局，提高公司抗风险能力和竞争力，确保公司长期可持续发展。 综上所述，针对上海医药科技集团公司注册时设立董事会还是执行董事的问题，从公司规模与治理效率、治理结构与股东权益保护、风险管理与公司稳健发展等方面进行了详细的阐述和分析。基于公司规模、业务复杂性、股东权益保护、风险管理等因素考虑，建议上海医药科技集团公司注册时设立董事会，以提高公司的治理效率、保护股东权益、应对风险挑战，实现公司长期稳健发展。